虽说越来越多的烟包印刷企业开始关注水性油墨，水性油墨在我国烟包凹印中的应用情况也已有些起色，但当前水性油墨还是主要集中应用在对印刷质量要求不高的低档烟包上，在高档烟包上的应用并不乐观，而且依然有很多烟包印刷企业不敢涉足水性油墨领域。那么，究竟是什么问题导致烟包凹印水性油墨应用受限呢？
问题一：油墨性能尚不足
云南侨通包装印刷有限公司油墨技术开发中心技术研发部部长郑晓波认为：“总体上来看，水性油墨的某些性能暂时还无法与溶剂型油墨匹敌，其印刷效果与溶剂型油墨相比也存在一定差距，这是导致国内烟包印刷企业对水性油墨接受程度不高的主要原因之一。”
首先是干燥性，水性油墨以水为主要溶剂，而水的蒸发潜热大，在常温下挥发速度较慢，因此其流平性、附着力、光泽度都较溶剂型油墨要差一些，容易产生印刷质量问题；其次是溶解性，水性油墨的溶解性有赖于水性乳液与色浆之间溶解性和干燥性配合的好坏，生产中需要经常搅拌，而且不同品牌的水性油墨，其安全存储期不同，超过安全存储期的水性油墨容易产生沉淀或分层，即使搅拌也起不到太大作用，此时就会出现无法避免的刀线故障，甚至更加严重。
另外，现行标准存在一些缺陷，未能足够重视和认识水性油墨在某些性能方面的不足。以GB/T26395-2011《水性烟包凹印油墨》标准为例，标准中关于水性凹印油墨部分内容的表达依然可以看到醇水性凹印油墨的影子，且未对禁令清单之外但必须添加的助剂物质有明确的添加限量，离真正的水溶性或水基油墨标准还有一段距离。山东鲁烟莱州印务有限公司工程师马广省指出：
“今后出台的新标准如果可以将对有机溶剂的禁限制转为准入制，即规定之外的物质一律不得使用，那么将对水性油墨在烟包凹印中的应用起到不小的推动作用。”
问题二：生产工艺需调整
在烟包凹印中，如果将原来采用的溶剂型油墨改为水性油墨，还必须在制版参数、设备结构等多个方面加以调整和改进，否则将影响印刷效果。"这不仅需要油墨生产企业和版材供应商的积极配合，对操作人员的操作规范和技能也有较高要求。"泉永印务工艺技术部经理兼生产制造部经理刘丰杰强调。
例如，由于水性油墨中所用的水性树脂的干燥具有不可逆性，如果仍采用传统"倒钻石"状网穴的雕刻凹版，随着使用时间的延长，干固在网穴底部的油墨就会引起堵版，从而导致油墨转移量不足，进而影响印刷色相的一致性。对此，一方面，需要改用四方形网穴的激光雕刻凹版；另一方面，要求操作人员必须及时、彻底地清洗凹版，否则干燥之后的整支版辊就会报废。
此外，为了弥补水性油墨在干燥性方面的不足，还需要改造现有凹印机的烘干装置，或增加烘干装置的干燥功率，或在不改变凹印机干燥功率的情况下，通过改变烘干装置的风量、风速来提升干燥能力。
问题三：成本方面存顾虑
随着烟草行业对标活动的开展，各中烟公司开始严格控制烟包成本，促使烟包价格大幅下落，甚至引发了降价风潮。与此同时，原辅材料和能源价格不断攀升、用工成本持续上涨，使得烟包印刷企业的利润不断被稀释，烟包印刷企业在成本方面的考虑也因此变得异常敏感和谨慎。
就当前情况来看，烟包凹印采用水性油墨确实比采用溶剂型油墨的成本要高一些。一方面，水性油墨以水性树脂为连结料，其采购价格远高于普通溶剂价格；另一方面，为适应水性油墨的印刷特点，在生产能耗、设备改造等方面或多或少也需要做一些资金投入。因此，对于那些还未涉足水性油墨领域的烟包印刷企业来说，这都会在一定程度上增加他们的顾虑。